정부에서는 주택 매도 촉진 및 주택이 재산증식 수단으로 이용되는 것을 억제하기 위하여 다주택 소유자의 주택양도차익에 대하여 양도소득세를 강화하고 있는바, 1세대 3주택 이상 소유자가 주택을 양도할 때는 다음과 같은 불이익을 받는다.
1) 60%의 높은 세율이 적용된다. 주택을 양도할 때 일반적으로 적용되는 세율은 양도차익 및 보유기간에 따라 9%에 최고 50%가 적용되지만 1세대 3주택 이상자의 주택양도차익에 대해서는 미등기 전매(70%) 다음으로 60%의 높은 세율이 적용된다.
※ 60%의 세율이 적용되는 1세대 3주택의 판정시 포함되는 주택 - 지역기준 : 다음의 지역을 제외한 수도권, 광역시 소재 주택 수도권(서울,인천,경기) 광역시 중 군지역 및 도농복합시의 읍·면 지역 수도권 중 주택보급률, 주택가격 및 그 동향을 감안하여 재정경제부령으로 정하는 지역 - 가격기준 : 기타지역(지역기준에서 제외되는 지역 포함)에 소재하는 주택으로 기준시가 3억원을 초과하는 주택
다만, 다음의 경우 3주택 이상 판정시 주택수에는 포함되나 당해 주택 양도시에는 일반세율 적용 및 장기보유특별공제를 받을 수 있다. 2003. 12. 31 이전 취득한 소형주택 조특법상 양도소득세가 감면되는 주택, 장기임대사업용 주택 장기사원용주택, 문화재주택, 5년미경과 상속주택, 저당권실행 및 채권변제로 취득한 주택 등
2) 장기보유특별공제를 받지 못한다. 전형적인 투기거래에 해당되는 미등기 전매와 동일하게 60% 중과대상인 1세대 3주택 이상자가 양도하는 주택에 대하여도 공제를 받지 못한다.
3) 실지거래가액으로 양도소득을 계산한다. 전국의 모든 주택에 대해 1세대 3주택 이상인 자의 주택을 양도할 때에는 투기지역내 부동산의 양도 및 단기양도 부동산 등과 같이 양도소득을 계산할 때는 실지거래가액에 의해서 양도차익을 계산한다. 보통 실지거래가액으로 세금을 계산하면 기준시가로 계산하는 것보다 세금이 많이 나오므로 불리하다.
4) 기타 보유세 부담이 늘어날 수 있다. 2006. 1. 1부터는 부동산에 대한 보유세가 강화되어, 주택에 대하여는 세대별 소유주택 총가액이 6억원을 초과하는 경우 재산세뿐만 아니라 고율의 종합부동산세도 납부해야 되기 때문에 3주택 이상자인 경우 이전보다 훨씬 많은 세금을 내게 되는 경우가 생길 수 있다.
※ 절세방안 따라서 1세대 3주택을 면하는 것이 절세의 지름길이며, 기존의 3주택자에 해당되어 주택을 양도할 예정이라면 위와 같이 맨 처음 양도하는 주택은 중과세되므로 소유주택 중 어느 주택을 먼저 양도할 것인가를 꼼꼼히 따져봐야 세부담을 조금이라도 줄일 수 있다.
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